在2010~2013年水利系统水质监测质量与安全管理优秀实验室和优良实验室考评中,上海市水环境监测中心实验室获得优秀实验室,名列B组第五;位于C组的八个分中心中青浦、闵行、崇明、松浦、浦东新区分中心获得优秀实验室,嘉定、奉贤、金山分中心获得优良实验室。